פרויקט בית שמש הינו פרויקט תכנון עירוני לאזור תעשייה בבית שמש. מטרתו להוסיף שטחי תעסוקה לעיר שאוכלוסייתה גדלה. המקום והצרכים היוו בסיס לתכנון מאתגר הן מבחינה טופוגרפית והן מבחינה פרוגרמתית. כחלק מהתכנון, הפרוגרמה דרשה שילוב בין התפתחות עתידית של תעשייה מתקדמת (היי-טק) לתעשייה כבדה. אלון שימש כמתכנן ראשי של הפרויקט וניהל את התכנון מתוקף תפקידו כמנהל מחלקת בינוי עירוני במשרד מרש אדריכלים.