יישוב וואדי אל נעם תוכנן כחלק מפרויקט ממשלתי לקיבוץ הפזורה הבדואית בנגב. התכנון המתארי ליישוב החדש תוכנן לאכלס אלפי יחידות דיור בשילוב תעסוקה ומבני ציבור. תכנית המתאר בפרויקט זה נעשתה בשילוב צוות מנהלת הבדואים ומשרד ראש הממשלה. אלון כמתכנן ראשי, ניהל את תכנון הפרויקט, כחלק מתפקידו כמנהל מחלקת בינוי עירוני במשרד מרש אדריכלים.